土壌微生物群集構造解析

健康で豊かな土壌のために重要な役割を果たしている土壌微生物について把握することは重要です。しかし、一般的な土壌診断項目は土壌の化学性、物理性が中心で、生物性においては確固たる診断方法が確立されていません。
生物性評価のひとつである土壌微生物群集構造をT-RFLP(末端制限酵素断片長多型)法を用いて解析を行い、微生物の多様性などから土壌の生物性を診断する方法の開発を茨城大学との共同研究のもと行っています。

技術概要

○T-RFLP(末端制限酵素断片長多型)法による土壌微生物群集構造の解析

T-RFLP法は微生物群集構造を解析する方法のひとつです。DNAの配列の違いにより制限酵素切断部位が異なることを利用して解析します。まず、リボソームRNA遺伝子など微生物で共通に保有する遺伝子を蛍光標識したプライマーを用いPCR増幅します。増幅したDNA断片を制限酵素で切断し、DNAシーケンサーで断片長を解析することにより、検出されたDNA断片の塩基数、ピークの強度、本数を評価します。

土壌微生物の解析方法の色々
  概要 特徴
T-RFLP法 PCR増幅したDNAを制限酵素で切断し、断片長を解析することにより、配列の違いによって制限酵素切断部位が異なることを利用して、微生物群集構造をピークパターンとしてあらわす 感度、正確性、再現性が高い
一次データをデジタルで取り出せる
ハイスループットである
DGGE法 PCR増幅したDNAを変性剤濃度勾配ゲルで電気泳動することにより、配列の違いによる変性のしやすさに基づいて、微生物群集構造をバンドパターンとして視覚的にあらわす ゲルからバンドを回収し、直接的に同定ができる
比較的安価
培養法 土壌懸濁液を培地上に塗抹し、出現したコロニーを観察することにより微生物の大まかな種類や存在量・存在比を知ることができる 従来型の方法
培養可能な菌のみが検出対象
検査項目 検査依頼書ダウンロード
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